Primero abrimos o creamos la imagen, luego vamos a imagen/modo/color indexado image/mode/indexed color, nos pregunta si queremos acoplar las capas (en caso que las tuvieramos respondemos que si), luego sale una ventana donde podemos configurar la transformación, hacemos click en OK.

Ahora vamos a archivo/exportar/gif98a file/export/gif98a, nos sale una ventana como la de la izquierda, elegimos el cuentagotas y hacemos click en el color que deseamos que sea transparente, apretamos en el boton OK y le ponemos un nombre a la imagen.

Eso es todo.